Trochę mylisz się. Zasada jest taka - chyba od zawsze.
Instaluje się system i są jakieś pliki konfiguracyjne. Traktuje się je jako przykładowe ale z nimi system wystartuje. Potem dopieszczasz sobie system, zmieniasz parametry itd. My tego nie wiemy - co użytkownik może być inaczej. Dlatego jak stwierdzamy, że jakiś parametr jest konieczny do zmiany to modyfikujemy plik. Jeżeli jakiś parametr będzie KONIECZNY do dodania będzie stosowny komunikat podczas aktualizacji/instalacji.
Podobnie będzie z innymi paczkami np. OSCam, ntpd, vsftpd, openvp, inne. W każdej paczce określimy jakie pliki to pliki konfiguracyjne i w razie zmian będzie osobny plik.
Mamy też wyjście inne. Możemy wrócić do modelu IMAGE. Wtedy dylematu nie będzie. Co aktualizacja każdy chcący mieć najnowszy system wgra wszystko od nowa i skonfiguruje raz jeszcze. Jednak uważam, że na obecnym etapie przyzwyczajenia się użytkowników Graterlia do aktualizacji z opkg jest to wyjście nie do przyjęcia.